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南京醫科大學研究生院，南京醫科大學研究生教育歷史可追溯到解放前。1929年，國民黨南京政府公布了《大學組織法》和《大學規程》，規定了高等教育機關分為大學、獨立學院、專科學校和研究院(所)，并指出，大學研究院(所)的任務是招收大學畢業生研究高深學術，各研究生研究期限暫定為至少3年。1935年，國民黨政府公布了《學位授予法》、同年教育部頒布了《學位分級細則》、《碩士學位考試細則》，1940年教育部又頒發了《博士學位評定會組織法》和《博士學位考試細則》，這個時期研究生教育有了立法程序，有了一套比較完整的制度。我校于1942年7月奉令成立醫科研究所寄生蟲學部，由部聘教授洪式閭博士兼主任。至1947年5月奉指令，改組為國立江蘇醫學院寄生蟲學研究所。1942年12月本所招收第一屆研究生兼助教趙慰先一名，1943年8月招收第二屆研究生王培信、王毓楹二名。并于1945年8月及1946年1月由研究生王培信及趙慰先提出碩士論文各一篇，參與碩士考試及格，經部復核審查通過授予碩士學位。

在解放前，由于舊中國的教育和科技落后，只有少數學校招收過為數不多的研究生。據統計從1935年至1949年全國授予碩士學位人數才200多人，沒有授予過博士學位。

新中國成立以后，我國從1950年開始招收研究生。1953年11月27日，高等教育部發布了《高等學校培養研究生暫行辦法(草案)》，明確規定：“……師資條件較好的高等學校應擔負培養研究生的任務，其目的為培養高等學校師資和科學研究人才”。1961年9月，中共中央印發了《中華人民共和國教育部直屬高等學校暫行工作條例(草案)》，對我國研究生教育作了具體規定和要求。1963年，教育部在北京召開了研究生工作會議，會議通過了《高等學校培養研究生工作暫行條例(草案)》、《關于高等學校制定理工農醫各專業培養方案的幾項規定(草案)》、《關于高等學校培養研究生學籍處理的幾項規定》等文件，從此我國高等學校、科研機構研究生工作逐步走上軌道，到1965年，我國培養研究生的高等學校有134所，科研機構100個，在校研究生人數為4546人，畢業研究生15942人。在此期間，我校共培養研究生14人。1966年，由于發生了“文化大革命”，通過研究生入學考試的研究生沒能入學，我校共有4人。